Pour les erreurs de l'apt-get upgrade, j'ai eu ce problème lorsque j'ai voulu installer une XiVO depuis le script. Pensant que ça venait de ma VM qui avait planté j'ai relancé le script et ça a très bien fonctionné par la suite sans erreur.

Je ne sais pas si c'est très propre mais je n'ai aucun problème depuis et tout semble fonctionner.

Cependant ça n'explique pas le pourquoi du comment :P