Oui vos contexts sont bons.

Asterisk est installé par compilation et aucune installation par "paquets" n'a été faite avant sur ce système ?
Peux-t-on voir le sip.conf et extensions.conf complets ? (par expérience, le problème est souvent caché dans un morceau que l'utilisateur ne juge pas utile de montrer..)

Pour tout ce que vous voyez au reload, c'est normal, de base Asterisk charge de nombreux modules (que vous pouvez désactiver dans /etc/asterisk/modules.conf), ainsi que le contenu des fichiers de configurations contenant les exemples.
Faire une liste est un peu long, je ne peux que vous conseiller d'ouvrir rapidement chaque fichier et vous faire une idée sur les fichiers qui peuvent être vidés, vous ne risquez pas grand chose à essayer, puisque leur contenu est actuellement le sample (donc un "make samples" dans les sources les régénérera)