Vu l'ampleur du projet, je pense qu'il faudra te faire aider par un pro.
Les pros ont acquis des connaissances et de l'expérience au fur et à mesure des déploiements et cela permet de ne pas se casser le nez sur certains points. Tout seul, tu vas mettre 3 ans à optimiser une installation de ce type. Sans compter la perte de crédibilité auprès des utilisateurs si tu te trompes.

Le nombre de sites est d'environ 40 et à terme environ 70 (sachant que 30 sites ne possèdent qu'un seul téléphone).
Il y a déjà une architecture réseau entre ces sites ? ADSL simple ? VPN ?

je voudrais tout centralisé (si cela est judicieux !!!).
A ce stade je ne peux pas te le dire. Peut être que sur des petits sites avec 1 téléphone, la ligne analogique à 16€/mois est la meilleure solution.

(cependant plusieurs serveurs sont apparemment mieux)
Tu ne peux pas laisser ces 400 téléphones sans fonctionner en cas de panne de ce serveur.

Pour les cartes "Avec carte ou passerelle ? Full IP ? Mixte ?
Pas facile de répondre avec si peu de précision." là aussi je suis demandeur d'infos !!!
Il faut connaitre la demande en téléphonie, l'architecture réseau existante de chaque site et savoir si cela peut évoluer pour répondre à cette question.

Pour les téléphones j'abandonne les FXS en raison de l'âge et de l'état des téléphones que je possède.
C'est souvent une sage décision.

Pour faire mes tests j'ai 3 grandstream
Je crois que fastm3 qui était défenseur des Grandstream est en train de revenir en arrière. Voir : http://www.asterisk-france.org/showt...stream-gxp2110
Pour avoir essayé pas mal de téléphones, je trouve que Aastra est au dessus du lot avec un bon rapport qualité/prix.
Nous déployons essentiellement des 6731i et des 6757i.

Pour les faxs qu'elle est donc la meilleure solution ???
Pas facile de répondre. Mais souvent la solution est de rester en analogique.
ex : il faut une ligne analogique pour installer un lien ADSL sur un site. Cette ligne analogique va permettre de laisser un fax physique sur le site. Cette solution peut être complétée par un mail2fax et/ou fax2mail de l'opérateur.

Pour le cti je voudrais commencer par mettre en place un annuaire téléphonique avec composition du téléphone par simple click.
Cela va être la chose la plus simple à faire.

Tu dis que "Il faut dans tous les cas commencer par une architecture réseau en béton" mais est ce que tu peux préciser ?
La téléphonie IP s'appuie sur le réseau informatique. C'est son squelette, il faut qu'il soit TRES solide : VPN, VLAN, QoS, redondance, continuité des alimentations, etc...